Ο νόμος προέβλεπε όμως ότι για την κάλυψη της δαπάνης της μισθοδοσίας η Εκκλησία θα έπρεπε να καταβάλλει εισφορά 25% επί των εισπράξεων των ναών - εισφορά που καταργήθηκε το 2004. Οπως διευκρινίζει μιλώντας στα «ΝΕΑ» ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος, με εκείνον τον νόμο η Πολιτεία έλεγε ότι καλύπτει ουσιαστικά το 35% της μισθοδοσίας των ιερέων και το υπόλοιπο 65% θα το καλύπτει η Εκκλησία».
Ο μισθός που έπαιρναν τότε οι ιερείς ήταν πολύ χαμηλότερος σε σύγκριση με των υπολοίπων δημοσίων υπαλλήλων. Γι' αυτόν τον λόγο την 20ετία που ακολούθησε η Ιεραρχία διαμαρτυρόταν συνεχώς για τους πενιχρούς μισθούς των κληρικών και ζητούσε επιμόνως από τις κυβερνήσεις την αύξησή τους. Το 1962, για παράδειγμα, ιεράρχες υποστήριζαν ότι ο κατώτατος μισθός του κληρικού ήταν 900 δρχ. και του απλού χωροφύλακα 1.700.
Τελικά οι μισθοί των κληρικών εντάχθηκαν στη μισθολογική κλίμακα των δημοσίων υπαλλήλων επί... χούντας, τον Ιούλιο του 1968, με τον νόμο περί μισθολογικής διαβαθμίσεως του εφημεριακού κλήρου της Ελλάδος (162/24). Τότε ο κατώτατος μισθός των κληρικών (δ' κατηγορίας) από 2.100 δρχ. ανήλθε σε 2.700. Και όπως γράφει στο βιβλίο του ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος, «μετά πάροδον πολλών δεκαετιών και εν μέσω πολλών ταλαιπωριών υλοποιήθηκε η απόφασις της Δ' Εθνικής Συνέλευσης» που αφορούσε την ίδρυση Ταμείου για τη βελτίωση του ιερατείου.
